วันที่ 29-30 เดือน มิถุนายน พ.ศ. 2552 สถาบันวิจัยวลัยรุกขเวช รับการประเมินคุณภาพการศึกษาประจำปีการศึกษา 2552 ในหลายด้าน ได้แก่ ด้านปรัชญา ปณิธาน วัตถุประสงค์และแผนการดำเนินงาน ด้านการวิจัย ด้านการบริการทางวิชาการแก่สังคม ด้านการทำนุบำรุงศิลปวัฒนธรรม ด้านการบริหารและการจัดการ ด้านการเงินและงบประมาณ และด้านระบบและกลไกการประกันคุณภาพ รวมทั้งสิ้น 7 องค์ประกอบและ22 ตัวบ่งชี้ ตามคู่มือประกันคุณภาพภายใน มหาวิทยาลัยมหาสารคาม (หน่วยงาน สนับสนุนการเรียนการสอน) โดยมีคณะกรรมการประเมินทั้งสิ้น 3 ท่าน ได้แก่ รองศาสตราจารย์ ดร.พรเทพ ถนนแก้ว นางอนุกูล บุญอ่อนและนายฐิติศักดิ์ เวชกามา
           ผลการประเมินคุณภาพการศึกษาของสถาบันวิจัยวลัยรุกขเวช ในภาพรวม พบว่าค่าคะแนนที่ได้ เท่ากับ 2.86 (คะแนนรวมทั้งหมด 3 คะแนน) หมายถึง ผลการดำเนินงานในภาพรวมของสถาบันฯ ได้คุณภาพระดับ ดีมาก